매달 같은 날 고객 카드에서 자동으로 빠져나가는 정기결제(빌링)는 안정적인 매출을 만들어 주는 좋은 구조입니다. 하지만 사장님 통장에 실제로 들어오는 돈은 결제 승인 금액 그대로가 아닙니다. 카드수수료와 그 부가세가 빠지고, 정기결제는 보통 PG(결제대행)사를 거치기 때문에 수수료 구조가 일반 대면 카드결제와 조금 다릅니다. 이 글에서는 정기결제·구독 수수료가 어떻게 매겨지고, 무엇을 챙겨야 손해를 줄이는지 2026년 기준으로 정리합니다.
정기결제 수수료는 누구에게, 어떻게 떼이나
구독 서비스나 온라인 자동결제는 카드사가 발급한 빌링키(결제정보를 암호화한 키)를 PG사가 보관하고, 정해진 주기마다 자동으로 결제를 요청하는 방식으로 작동합니다. 이때 수수료는 크게 두 갈래입니다.
- 카드 가맹점 수수료: 카드사가 가져가는 기본 수수료. 연매출 규모에 따라 우대수수료율이 적용됩니다.
- PG사 결제대행 수수료: 빌링 시스템·정산·보안을 제공하는 대가로 PG사가 받는 수수료. 계약 조건에 따라 가맹점 수수료에 더해지거나 포함됩니다.
중요한 점은 PG사를 통해 결제를 받는 'PG 하위가맹점'에도 영세·중소 우대수수료율이 적용된다는 것입니다. 2026년 상반기 기준으로도 PG 하위가맹점 약 193만 개가 우대 대상에 포함됐습니다. 즉 온라인 구독 매출이라고 해서 무조건 높은 수수료만 떼이는 것은 아니며, 사장님 연매출 구간에 맞는 우대율을 받을 수 있습니다.
2026년 영세·중소가맹점 우대수수료율
금융위원회가 발표한 2026년 상반기(2026년 2월 14일 적용) 우대수수료율은 아래와 같습니다. 연매출 구간별로 신용카드 0.40%~1.45%, 체크카드 0.15%~1.15% 범위입니다.
| 연매출 구간 | 구분 | 신용카드 | 체크카드 |
|---|---|---|---|
| 3억 원 이하 | 영세 | 0.40% | 0.15% |
| 3억 초과 ~ 5억 | 중소 | 1.00% | 0.75% |
| 5억 초과 ~ 10억 | 중소 | 1.15% | 0.90% |
| 10억 초과 ~ 30억 | 중소 | 1.45% | 1.15% |
이 우대율은 6개월마다 국세청 과세자료로 재산정됩니다. 신규 개업 가맹점은 매출 자료 확인 전까지 일반 수수료율이 적용되다가, 영세·중소로 확인되면 차액을 소급 환급받습니다. 다만 위 표는 카드사 기본 우대율이며, PG사를 끼면 PG 자체 수수료가 별도로 붙을 수 있으니 계약서의 최종 수수료율을 반드시 확인하세요.
'수수료의 부가세'까지 빠진다 — 정산금액 계산법
정기결제 정산에서 사장님이 자주 놓치는 부분이 바로 수수료에 붙는 부가세입니다. PG사는 정산할 때 결제금액에서 수수료와 그 수수료의 부가세(수수료의 10%)를 함께 차감하고 나머지를 입금합니다. 예를 들어 1만 원이 결제되고 수수료가 3%라면 다음과 같습니다.
승인금액 10,000원 − 수수료 300원 − 수수료 부가세 30원 = 실입금 9,670원
여기서 핵심은 매출은 9,670원이 아니라 승인금액 10,000원 전체로 잡아야 한다는 것입니다. 통장에 찍힌 입금액만 매출로 기록하면 수수료만큼 매출을 누락한 셈이 되어 가산세 위험이 생깁니다. 차감된 수수료는 비용으로, 수수료에 붙은 부가세는 매입세액으로 따로 처리하는 것이 원칙입니다. 오늘장부처럼 일매출을 총액 기준으로 기록하고 부가세 예상액을 자동 계산해 주는 도구를 쓰면 이런 누락을 줄일 수 있습니다.
구독 매출, 이것만은 챙기세요
- PG 정산명세서 보관: 정산 주기(보통 영업일 기준 며칠 뒤)에 맞춰 발급되는 명세서에 결제금액·수수료·부가세가 모두 나옵니다. 부가세 신고의 기초자료입니다.
- 총액 매출 인식: 입금액이 아니라 결제 승인 총액을 매출로 잡으세요.
- 환불·해지 분리: 구독 취소·환불이 잦은 업종은 매출 환입과 수수료 환급을 따로 정리하세요.
- 내가 내는 구독료도 비용 처리: 사업용으로 쓰는 SaaS·POS·관리 프로그램 등 정기결제 구독료는 사업 관련성이 있으면 비용으로 인정되고, 세금계산서·신용카드매출전표가 있으면 부가세 매입세액공제도 가능합니다.
자주 묻는 질문
정기결제는 일반 카드결제보다 수수료가 더 비싼가요?
카드사 우대수수료율 자체는 연매출 구간에 따라 동일하게 적용됩니다. 다만 정기결제는 PG사를 거치는 경우가 많아 PG 자체 수수료가 더해질 수 있습니다. 최종 부담률은 계약 조건마다 다르므로 계약서를 확인하는 것이 정확합니다.
구독 매출도 영세가맹점 우대수수료율을 받을 수 있나요?
네. PG사를 통해 결제를 받는 하위가맹점에도 연매출 구간별 우대수수료율이 적용됩니다. 적용 여부와 환급 내역은 여신금융협회나 거래 PG사를 통해 확인할 수 있습니다.
통장에 들어온 금액만 매출로 적으면 안 되나요?
안 됩니다. 수수료가 차감되기 전 승인 총액이 매출입니다. 입금액만 기록하면 매출 누락이 되어 가산세 등 불이익이 생길 수 있습니다.
정기결제 매출이 늘수록 수수료·부가세 계산이 복잡해집니다. 카드·현금·배달앱 매출을 한 번에 총액으로 기록하고 부가세 예상액까지 자동으로 확인하려면 오늘장부 무료로 시작하기를 활용해 보세요.
※ 본 글은 2026년 기준 참고용 정보이며, 정확한 신고·금액은 국세청 홈택스 또는 세무사와 상담하세요.