온라인으로 주문을 받고 결제를 처리하다 보면 매출이 통장에 그대로 들어오지 않는다는 사실을 금세 느끼게 됩니다. PG사 수수료, 카드수수료, 배달앱 중개수수료… 이름도 다르고 구조도 달라서 정확히 얼마가 빠져나가는지 파악하기 어렵습니다. 그런데 이 수수료들의 구조를 제대로 알아야 비용을 통제하고 마진을 지킬 수 있습니다. 이번 글에서는 온라인 결제 수수료의 흐름을 단계별로 짚어 드립니다.
온라인 결제가 처리되는 구조
오프라인 카드 단말기와 달리, 온라인·앱 결제는 고객 → 결제 페이지 → PG(Payment Gateway)사 → 카드사(또는 은행) → 사장님 계좌 순으로 돈이 흐릅니다. PG사는 이 중간 과정을 처리해주는 대가로 수수료를 가져갑니다. 결국 사장님이 실제로 부담하는 수수료는 크게 세 층으로 나뉩니다.
- 카드사 수수료 — 카드사가 가맹점에게 부과하는 기본 수수료
- PG사 수수료 — PG사가 결제 중계·정산 서비스 대가로 받는 수수료
- 배달앱 중개수수료 — 배달 플랫폼을 통해 주문이 들어올 경우 추가로 발생하는 비용
이 세 가지가 겹치면 실질 수수료 부담이 생각보다 훨씬 커질 수 있습니다.
카드사 우대수수료율 — 2026년 최신 기준
신용카드 수수료는 가맹점의 연간 매출액에 따라 '영세·중소가맹점 우대수수료율'이 적용됩니다. 매 반기(1월·7월)마다 국세청 과세 자료를 바탕으로 등급이 재산정되며, 2026년 상반기 현재 전체 신용카드가맹점의 약 95.7%가 우대수수료율 혜택을 받고 있습니다.
| 연간 매출액 구간 | 신용카드 수수료율 | 체크카드 수수료율 |
|---|---|---|
| 3억 원 이하 (영세) | 0.4% | 0.15% |
| 3억 원 초과 ~ 5억 원 이하 | 1.0% | 0.75% |
| 5억 원 초과 ~ 10억 원 이하 | 1.15% | 0.90% |
| 10억 원 초과 ~ 30억 원 이하 | 1.45% | 1.15% |
| 30억 원 초과 (일반가맹점) | 협의 또는 표준 적용 | 협의 또는 표준 적용 |
PG사를 통해 카드 결제를 받는 하위가맹점도 동일한 우대수수료율이 적용됩니다. 단, 신규 개업 후 첫 반기에는 국세청 매출 자료가 없어 일반가맹점 수수료율이 일시 적용될 수 있습니다. 이 경우 반기 선정 이후 우대수수료율을 소급 적용해 차액을 환급받을 수 있으므로, 개업 초기에도 환급 안내를 꼭 확인하세요.
PG사 수수료 — 카드수수료 위에 붙는 중계 비용
PG사는 카드사에 지불하는 수수료에 자신의 서비스 수수료를 얹어서 가맹점에 청구합니다. 국내 온라인 결제 기준으로 PG사 수수료(VAT 별도)는 일반적으로 2.0~3.5% 수준이지만, 매출 규모·업종·계약 조건에 따라 달라집니다. 금융감독원에 등록된 PG업체는 150개 이상이지만, 실제 시장은 상위 4~5개 사가 65~70% 이상을 점유하고 있습니다.
PG사 수수료를 구성하는 항목
- 카드사 수수료: PG사가 카드사에 내는 수수료 (위 표 참고)
- PG 서비스 이용료: 결제 중계·정산·보안·시스템 유지 대가
- 부가가치세(VAT 10%): PG 수수료 자체에도 VAT가 별도 부과됨
- 월 고정비: 일부 PG사는 월 정액 이용료를 별도 청구하기도 함
예시: 월 매출 500만 원, PG 수수료율 3%일 경우 → 수수료 15만 원 + VAT 1만 5천 원 = 월 16만 5천 원 지출. 연간으로 환산하면 198만 원입니다.
PG사별 정확한 수수료율은 계약 시점과 매출 규모에 따라 협의가 가능하므로, 매출이 일정 수준 이상이면 직접 협상을 시도해보는 것이 좋습니다.
배달앱 수수료 — 중개수수료 + 숨겨진 비용
음식점 사장님이라면 배달앱 수수료를 빼고 온라인 결제 구조를 말할 수 없습니다. 2026년 현재 국내 주요 배달 앱은 매출 규모에 따라 차등 중개수수료를 적용하고 있습니다.
| 매출 구간 | 배달의민족 / 쿠팡이츠 |
|---|---|
| 매출 상위 35% (고매출) | 중개수수료 7.8% |
| 매출 중위 35~80% | 중개수수료 6.8% |
| 매출 하위 20% (영세) | 중개수수료 2.0% |
여기서 주의할 점은 중개수수료가 전부가 아니라는 것입니다. 실제 사장님이 부담하는 비용에는 다음 항목들이 추가됩니다.
- 배달비 (배달앱 자체 배달 시 플랫폼 부담 또는 가맹점 분담)
- 결제 수수료 (PG 처리 수수료 별도)
- 광고비 (상단 노출을 위한 입찰형·고정형 광고)
- 포장 주문 수수료 (2025년 이후 배민·쿠팡이츠 모두 순차 유료 전환)
이 항목들을 모두 더하면 실질 수수료 부담이 명목 수수료보다 훨씬 높아집니다. 공공배달앱(예: 땡겨요 등)은 중개수수료를 2%대 수준으로 낮게 책정해 대안으로 주목받고 있습니다.
수수료, 비용처리와 부가세 신고에서의 취급
카드수수료·PG수수료·배달앱 수수료는 모두 사업 관련 필요경비로 인정됩니다. 종합소득세 신고 시 비용으로 공제받을 수 있으며, 일반과세자는 PG 수수료에 포함된 VAT를 매입세액으로 공제받는 것도 가능합니다. 단, 간이과세자는 세금계산서 수취 및 공제 방식이 다르므로 본인의 과세 유형을 먼저 확인하는 것이 중요합니다.
카드·현금·배달앱 매출이 채널별로 흩어져 있으면 정확한 수수료 파악 자체가 어렵습니다. 오늘장부처럼 카드·현금·배달앱 매출을 한 화면에서 통합 기록하는 앱을 활용하면, 채널별 수수료를 빠짐없이 추적하고 부가세 예상액도 미리 파악할 수 있어 연말 세금 폭탄을 예방하는 데 도움이 됩니다.
수수료 부담 줄이는 실전 전략 5가지
- 반기마다 우대수수료율 확인: 매년 2월·8월경 여신금융협회(cardsales.or.kr) 또는 카드사 콜센터에서 내 등급을 확인하세요.
- 신규 개업 후 환급 챙기기: 개업 첫 반기에 일반 수수료를 냈다면 차기 선정 시 소급 환급받을 수 있습니다.
- PG사 협상: 월 매출이 일정 수준을 넘으면 PG 수수료율 인하를 직접 요청해볼 수 있습니다.
- 배달앱 채널 분산: 단일 플랫폼 의존도를 낮추고 공공배달앱, 자체 주문 채널을 병행하면 수수료 부담을 분산할 수 있습니다.
- 체크카드 결제 안내: 신용카드 대비 체크카드 수수료율이 낮으므로, 현장 결제가 가능하다면 체크카드를 안내하는 것도 방법입니다.
수수료 구조를 꿰고 있어야 실제 순이익을 제대로 계산할 수 있습니다. 오늘장부 무료로 시작하기로 매출 채널별 수수료를 한눈에 관리해 보세요.
자주 묻는 질문
PG사 수수료와 카드수수료는 별도인가요?
PG사 수수료는 카드사 수수료를 포함해서 청구되는 경우가 많습니다. 즉, 사장님이 PG사에 내는 수수료 안에 카드사 몫 + PG사 서비스 몫이 함께 포함되어 있습니다. 계약서를 꼼꼼히 확인해 항목별 금액을 파악해 두세요.
배달앱 수수료도 부가세 신고 시 매입세액 공제가 되나요?
일반과세자라면 배달앱이 발행한 세금계산서를 통해 매입세액 공제가 가능합니다. 단, 배달앱별 세금계산서 발행 방식이 다를 수 있으므로 각 플랫폼의 정산 내역서와 세금계산서 발행 기준을 반드시 확인하세요. 간이과세자는 공제 방식이 다릅니다.
영세가맹점 우대수수료율은 자동으로 적용되나요?
네, 별도 신청 없이 국세청 과세 자료를 기반으로 자동 선정됩니다. 매 반기 선정 결과는 여신금융협회 홈페이지(cardsales.or.kr) 또는 카드사 콜센터에서 확인할 수 있습니다.
※ 본 글은 2026년 기준 참고용 정보이며, 정확한 신고·금액은 국세청 홈택스 또는 세무사와 상담하세요.